| nukleázok hasítás helye szerint? | exonukleáz és endonukleáz |
| Mik a restrikciós enzimek rövidebb, vagy hosszabb felismerési szekvenciával? | palindrom szekvenciák |
| Endonukleázok? | a nukleinsavak közbülső részein található foszfodiészter kötéseket tudják elhasítani |
| Ha a felismerési szekvencia metilálva van? | a restikciós enzim nem képes hasítani a DNS-t. |
| Nukleázok szubsztrát szál típusa szerint | egyszálú vagy kétszálú DNS szubsztrát |
| Exonukleázok? | a DNS vagy RNS két végéről képesek nukleotidok eltávolítására |
| Nukleázok hasítás irányultsága szerint? | 5’ -> 3’ vagy 3’ -> 5’ |
| Nukleázok végződés típusa szerint? | 3’ –OH vagy 5’ –OH végződés |
| Nukleázok szubsztrát típusa szerint? | DNS vagy RNS szubsztrát |
| I-es típusú restrikciós endonukleázok? | restrikciós és metil-transzferáz aktivitással rendelkeznek
három alegységből felépülő szerkezetük van
Mg2+ szükséges a működésükhöz
hasítóhelyük a felismerési helytől távol helyezkedik el |
| Hogyan védi a sejt a saját DNS-ét? | restrikciós-modifikációs rendszerrel |
| II-es típusú restrikciós endonukleázok | csak restrikciós funkcióval rendelkeznek
működésükhöz Mg2+-ot igényelnek
hasítóhelyük a felismerő helyben vagy annak közvetlen közelében található. felismerőhely általában 4-8 bázispár hosszúságú és jellemzően palindrom szekvencia
meghatározott helyen hasítják a DNS-t, így az emésztés reprodukálható és a keletkezett termékek szekvenciája pontosan meghatározott lesz
a restrikciós enzimek hasítóhelye eredményezhet ragadós véget vagy tompa véget |
| Ha a felismerési szekvencia nincs metilálva mi történik? | a restikciós enzim hasítja a DNS-t. |
| III-as típusú restrikciós endonukleázok | hidrolizáló alegység és metiláló alegység
Mg2+- függő enzimek
hasítóhelyük a felismerési hely közelében található, nem palindrom |
| A DNS molekula végződését módosító enzimek | polinukleotid kináz, alkalikus foszfatáz |
| mire utal a restrikciós enzimek neve? | honnan izolálták őket |
| A sikeres hasításminek a függvénye | metiláció |
| Tompa végződés? | Egyes restrikciós endonukleázok a DNS mindkét szálát azonos pozícióban hasítják, rendszerint a felismerési szekvencia közepén. |
| DNS polimerázok | olyan enzimek, amelyek egy létező DNS vagy RNS templátról szintetizálnak új, komplementer polinukleotid szálat. |
| Tapadós végződés? | Más restrikciós endonukleázok viszont szimmetrikusan, de nem középen hasítanak. Így rövid, egyszálú végződést alakítanak ki. |
| restrikciós-modifikációs rendszernek két eleme | egy restrikciós endonukleáz és
egy annak megfelelő DNSmetiláz enzim. |
| Isoschizomerek | azok az enzimeket, amelyeknél mind a felismerő, mind a hasítóhely egyforma |
| Ligázok | olyan enzimek, amelyek nukleinsav molekulákat képesek összekapcsolni a nukleotidok közötti foszfodiészter kötés kialakításával. |
| neoschizomerek | azok az enzimek, amelyek felismerőhelye megegyezik, de hasítóhelyük különböző |
| mire jó a metilálás? | megvédi a DNS-t az endonukleáz hasításától. |
| S1-nukleáz | Aspergillus oryzae gombából származik
olyan endonukleáz, amelyik egyszálú DNS-t vagy RNS-t képes lebontani
kofaktora a Zn2+
pH optimuma a savas tartományban, 4.0-4.3 között van |
| Dezoxiribonukleáz (DNáz) I | egy- és kétszálú DNS lebontására egyaránt képes
maximális aktivitást kalcium-, magnézium- vagy mangán-ion jelenlétében mutat
a DNáz aktivitás EDTA-val gátolható
felhasználható például didezoxi- (Sanger-féle) szekvenáláskor
jelölt DNS létrehozására hasadás-elmozdulás (nick translation) technikával
fehérje vagy RNS preparátumok DNS-től való megtisztítására is
az enzim része a Klenow fragmentum |
| a DNáz aktivitás mivel gátolható? | EDTA |
| A DNS polimerázok típusai? | templát-függő DNS-polimerázok és templát-független DNS-polimerázok |
| Hogyan működnek a polimerázok? | DNS szál szintéziséhez szükséges egy rövid kétszálú szakasz, és így az új szál szintézise egy már meglevő 3’-végről indulhat 5’->3’ irányban
a természetben az új szál szintézise mindig egy rövid RNS szakasszal, a primerrel indul
gyakorlatban primerként általában egy rövid szintetikus oligonukleotid molekulát használnak, ami a templát DNS-hez kapcsolódva biztosítja a szükséges kétszálú szakaszt |
| A polimerázok képesek? | DNS szintézisére és láncbontásra |
| 3’→5’-exonukleáz aktivitás | az enzim a DNS szálon visszafelé haladva képes a már szintetizált nukleotidot eltávolítani
„proofreading“ vagy hibajavító aktivitásnak is nevezzük |
| 5’→3’-exonukleáz aktivitás | az enzim képes a láncon előre haladva az esetleg már ott található, a templáttal komplementer DNS szálat elbontani
Okazaki fragmentumok esetén |
| DNS-polimeráz I és a Klenow-fragmentum | minden prokariótában megtalálható
fontos szerepe van a bakteriális genom replikációjában, eltávolítja az RNS primert a követő szálról és az Okazaki-fragmentumok összekötését végzi |
| Hőstabil DNS-polimerázok | Taq-polimeráz
Pfu-polimeráz
Phusion-polimeráz |
| Melyik hőstabil DNS-polimeráz rendelkezik proofreading aktivitással? | Pfu-polimeráz
Phusion-polimeráz |
| Reverz transzkriptáz | RNS-függő DNS-polimeráz
retrovírusok replikációs ciklusában játszanak szerepet
a retrovírusok genomja RNS-ből áll, amiről DNS másolat készül a gazdaszervezet fertőzése után
laboratóriumi gyakorlatban használható mRNS molekulákról DNS másolat készítésére (cDNS) |
| Terminális transzferáz | homopolimer ragadós végek kialakítására használható
templát-független DNS-polimeráz |
| Alkalikus foszfatáz | hidrolázok közé tartozik
DNS 5’ végéről távolítja el a foszfát csoportot
plazmid vektorba való klónozás során az egyik lehetséges hibaforrás, hogy a felnyitott plazmid üresen ligálódik össze |
| T4 polinukleotid-kináz | az ATP γ-foszfát csoportjának a DNS szabad 5’-hidroxil végére történő átvitelét katalizálja
felhasználható oligonukleotidok, DNS vagy RNS 5’-végének jelölésére (γ - 32P) ATP használatával. |
| Mi a DNS ligázok in vivo szerepe? | katalizálja a hiányzó foszfodiészter kötést |
| emlősökben a DNS-ligázok négy típusa fordul elő, szerepük | az Okazaki-fragmentumok összekapcsolásában
különböző hibajavító mechanizmusokban, mint például a nukleotid-kivágással járó DNS hibajavítás, a kétszálú DNS törése és javítása |
| DNS ligáz in vitro szerepe? | két törés létrejöttét katalizálja |
| Nukleázok | olyan enzimek, amelyek a nukleinsavak nukleotid egységei közötti foszfodiészter kötést hasítják. |
| mire jó a metilálás? | megvédi a DNS-t az endonukleáz hasításától. |
| restrikciós-modifikációs rendszernek két eleme | egy restrikciós endonukleáz és
egy annak megfelelő DNSmetiláz enzim. |
| Ha a felismerési szekvencia metilálva van? | a restikciós enzim nem képes hasítani a DNS-t. |
| milyen anyagokat használunk extrahálásnál? | fenol, kloroform, izoamilalkohol |
| genomi DNS tárolási hőmérséklete? | 4°C |
| plazmid DNS tárolási hőmérséklete? | -20°C |
| melyik fázisban marad a genomi DNS? | szerves |
| melyik fázisban marad a plazmid DNS? | vizes |
| mi az ioncserés kromatográfia? | kül. töltésű molekulák töltésük szerinti elválasztása |
| melyik fázis tartalmazza az RNS-T? | vizes |
| milyen csoportot tartalmaz az RNS? | 2'- hidroxil |
| mi gátolja a habképződést? | izoamilalkohol |
| mi csapja ki a fehérjéket? | fenol |
| mi hoz létre élesebb határfelületet a vizes és a szerves fázis között? | kloroform |
| RNS tárolási hőmérséklete? | -70°C |
| agaróz gélelektroforézis célja? | DNS molekulák méretük alapján történő szeparálása |
| elektroforézist követően milyen pufferben áztatjuk a géleket a DNS sávok láthatóvá tételéért? | etidium bromidot tartalmazó |
| nukleáz enzimmel degradálz mintában miért nem látunk éles DNS sávokat? | a molekulák mérete kül. mértékben változik |
| mi a klónozó vektor? | olyan DNS molekula amelybe idegen DNS fragmentum építhető be |
| mi a rekombináns vektor? | idegen DNS inzertet tart. vektor DNS |
| klónozó vektor típusai? | plazmid, kozmid, bakteriofág |
| mi a plazmid vektor? | extrakromoszómális, önálló replikációra képes, cirkuláris |
| mi a kozmid vektor? | plazmid és lambda fág kombinációja |
| mi a bakteriofág vektor? | lineáris , nagyobb hatékonyságú |
| mi a transzformálás? | egy rekombináns plazmidot E.coli sejtbe juttatunk |
| antibiotikum hatása? | gátolja a sejtfal, sejtmembrán, fehérje és nukleinsav szintézist |
| mi a Lac Z? | Lac operon része, béta galaktozidázt kódol ami a laktózt glukózra és galaktózra bontja |
| mi a DNS könyvtár? | reprezentatív DNS fragmentumok önálló replikációra képes vektorba klónozott gyűjteménye, amely a megfelelő gazdasejtben szaporítható |
| DNS könyvtár típusai? | genomi és cDNS |
| mi a cDNS? | reverz transzkriptáz enzim segítségével készült DNS kópia mRNS molekuláról |
| mit tartalmaznak a genomi DNS könytárak? | DNS fragmentumok gyűjteménye |
| mit tartalmaznak a cDNS könyvtárak? | érett mRNS szekvenciáról készült komplementer szálakat |
| mi a Souther blot? | DNS analízis |
| mi a Norther blot? | RNS analízis |
| egyszálú DNS próbánál mibe klónozzák a jelölendő szekvenciát? | M13 fág vektor |
| RNS próbánál mibe klónozzák a jelölendő szekvenciát? | fág promóterek között elhelyezkedő poli-klónozó hely |
| mit generál az enzimatikus reakció eredményeként az ECL? | fényt |
| mitől függ az ECL? | western blot olyan enzim szub-tal való inkubálásától, amely képes reakcióba lépni a szondával és így képes láthatóvá tenni a fehérjét |
| mi a transzkriptom? | egy adott sejtben kifejeződő, transzkripcióra kerülő gének összessége |
| mi a szonda a DNS microarray nál? | adott mRNS populáció |
| mire használható a microarray? | génexpresszió relatív mérése, SNP detektálás, genomok összehaszonlítása |
| DNS microarray hibridizálása mivel történik? | cDNS, gDNS, RNS |
| mi a DNS chip? | kis cellákra osztott lapocska, amelyekben ugyanannak az organizmusnak egy egy génjét v. génvariánsát tartalmazó oligonukleotidok vannak |
| Affimatrix microarray kivitelezése? | fotolitográfiával állítják elő és üveg lapon szintetizálják meg az egyszálú DNS t |
| mi a klasszikus citogenetika? | Giemsa festést követően a krom.-k jellegzetes sávozása |
| mire alkalmas a FISH? | ismert eltérések kimutatására |
| mire alkalmas a CGH? | ismert és ismeretlen kromoszómális genetikai eltérések kimutatására |
| mi a FISH? | próba-DNS szekvenciákat kapcsolnak target DNS mintához, melyek fluoreszcens molekulákat tartalmaznak |
| mi a próba DNS? | fluorokrómmal módosított duplaszálú DNS |
| DNS hibridizációt befolyásoló tényezők? | hőm, ionerősség, pH, denaturáló oldószer, DNS fragmentek, mosási körülmények |
| humán DNS kb hány százaléka GC? | 40 |
| mely divalens kationok stabilizálják a duplaszálú DNS-t? | Mg, Ca |
| szabad formában a hibridizáció hatásfokát csökkentő kationok? | Mg, Ca |
| melyik ion befolyásolja a Tm-et? | Na |
| hibridizációs elegy komponensei? | 50-55% formamid, 2x SSC, 10% dextrát szulfát |
| mely módszerrel analizálhatóak interfázisos sejteken a kromozómális eltérések? | FISH |
| mely módszer alkalmas az X kromoszómához kötött mentális retardációk felismerésére? | CGH |
| miért kapunk jobb információt ha csökken az array elemek mérete? | jobban lehet közelíteni a genomban tárolt valódi eltéréseket |
| sejtek közötti heterogenitást effektíven mivel mutatható ki? | FISH |
| egy sejtből származó DNS eltéréseit mivel vizsgáljuk? | CGH |
| mi NEM ad információt a daganatos sejtekben fellelhető gén eltérése heterogenitásáról? | CGH |
| teljes genom eltéréseit mutatja ki? | CGH |
| DNS optimális pH ja? | 7,5-8 |
| emésztő puffer tartalma? | 10mM TrisHCl ph:8, 25mM EDTA, 0,5% SDS, 0,1 mg/ml proteináz K |
| eluáló puffer ph és ionerőssége? | magas pH, alacsony ionerősség |
| mi segítségével készül mRNS-ből cDNS? | reverz transzkriptáz enzim, hibridizáló oligo dT-pirmer |
| milyen pozicióban metilez a dam metiláz? | N 6 |
| milyen pozicióban metilez a dcm metiláz? | C 5 |
| milyen aktivitással nem rendelkezik a Taq polimeráz? | 3'-5' exonukleáz |
| milyen polimeráz a reverz transzkriptáz? | RNS függő DNS polimeráz |
