Wat gebeurt er na het tweede stadium bij een syfilis besmetting?

Bij ongeveer 20% zal binnen een jaar een recidief optreden met vooral afwijkingen in de regio anogenitalis. Wanneer dat niet het geval is , treed ongeveer een jaar na besmetting de latente fase in. Hierin zijn er door immuunreactiviteit nog maar weinig bacteriën en geen huidafwijkingen en een recidief is niet meer waarschijnlijk. Ongeveer twee derde van deze patiënten blijft altijd in de latente fase; klaring van de bacteriën treedt waarschijnlijk niet op. Bij een derde van de patiënten zullen late verschijnselen van syfilis optreden, die waarschijnlijk het gevolg zijn van uitdoven van de immuunrespons, zijn granulomateuze noduli en nodulo-ulceratieve afwijkingen in de huid, die ontstaan vanaf het tweede jaar na besmetting, neurosyfilis en cardio-vasculaire syfilis, die meestal pas na 12-30 jaar optreden.